بالإضافة إلى المواد الضارة، هناك عدد لا يحصى من البكتيريا والفيروسات في مياه الصرف الصحي. لذلك، يُستخدم التطهير بالكلور على نطاق واسع لقتل البكتيريا والفيروسات الموجودة في المياه أثناء مرحلة تدفق مياه الصنبور ومحطات معالجة مياه الصرف الصحي.
وفي معالجة مياه التبريد الصناعية المتداولة، يستخدم الكلور أيضًا لتعقيم وإزالة الطحالب. في عملية دوران مياه التبريد، بسبب تبخر جزء من الماء، تتركز العناصر الغذائية الموجودة في الماء، وسوف تتكاثر البكتيريا والكائنات الحية الدقيقة الأخرى بكميات كبيرة وتشكل الأوساخ الغروية بسهولة. الكثير من الأوساخ الوحل سوف يؤدي إلى انسداد الأنابيب والتآكل.
تتضمن عملية الكلورة عادة حقن الكلور في الماء لقتل البكتيريا والكائنات الحية الدقيقة الأخرى، وعادة ما يكون ذلك في زجاجات الكلور المعبأة.
من أجل الحفاظ على التأثير المبيد للجراثيم، يجب دائمًا الاحتفاظ بالكلور المتبقي عند مستوى {{0}}.5 ~ 1mg/L في المياه المصرفة وفي نهاية شبكة إمدادات المياه عند 0 .05 ~ 0.1 ملغم / لتر.