يتضمن مبدأ تطهير هيبوكلوريت الصوديوم بشكل أساسي ثلاثة جوانب:
يتكون حمض الهيبوكلوروز من خلال التحلل المائي، ثم يتحلل حمض الهيبوكلوروز بشكل أكبر لتكوين أكسجين بيئي جديد. تعمل الخاصية المؤكسدة القوية للأكسجين البيئي الجديد على تحلل مواد مثل البروتينات الموجودة في البكتيريا والفيروسات، وبالتالي قتل الكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض.
يمكن لحامض الهيبوكلوروز أن يخترق البكتيريا (الفيروسات) ويتفاعل مع البوليمرات العضوية مثل البروتينات البكتيرية (الفيروسية) والأحماض النووية والإنزيمات، وبالتالي يقتل الكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض.
يمكن لأيونات الكلوريد التي ينتجها حمض هيبوكلوروس أن تغير الضغط الاسموزي للبكتيريا والفيروسات بشكل كبير، مما يتسبب في فقدان خلاياها للنشاط وموتها.